Con l'adozione delle linee guida vengono anche abrogati e sostituiti gli articoli 11, 12, 13, 14, 15, 22 del Decreto del Presidente del Consiglio dei Ministri 3 dicembre 2013 recante "Regole tecniche per il protocollo informatico ai sensi degli articoli 40-bis, 41, 47, 57-bis e 71, del Codice dell'amministrazione digitale di cui al decreto legislativo n. 82/2005".

Le linee guida predisposte da AgID si rivolgono alle Pubbliche amministrazioni e ai gestori di pubblici servizi, in particolare, si tratta: delle amministrazioni di cui all'art. 1, comma 2, del d.lgs. n. 165/2001, ivi comprese le autorità di sistema portuale, nonché autorità amministrative indipendenti di garanzia, vigilanza e regolazione; dei gestori di pubblici servizi, ivi comprese le società quotate, in relazione ai servizi di pubblico interesse; dei soggetti e delle società presenti nell'elenco ISTAT delle Pubbliche Amministrazioni di cui all'art. 1 della L.196/2009, non ricompresi nelle amministrazioni pubbliche, di cui al citato art. 1, comma 2, del d.lgs. n. 165, richiamati nel Decreto del MEF n. 55/2013, che individua l'IPA come anagrafe di riferimento per la fatturazione elettronica delle amministrazioni pubbliche.

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Inoltre, il Decreto del Ministero dell'Economia e delle Finanze n. 55/2013, individua l'IPA come anagrafe di riferimento per la fatturazione elettronica delle amministrazioni pubbliche: dovranno dunque iscriversi nell'Indice anche i soggetti e le società presenti nell'elenco ISTAT delle Pubbliche Amministrazioni di cui all'articolo 1 della legge 196/2009, non ricompresi nelle amministrazioni pubbliche di cui all'art. 1 comma 2 del decreto legislativo 165/2001, richiamati nel suddetto decreto n. 55.

Ogni ente che si iscrive all'indice potrà eleggere uno o più domicili digitali relativamente alla propria organizzazione. Gli Enti stessi, tramite apposito Referente IPA, dovrà mantenere aggiornati i dati presenti nell'indice con tempestività e dovrà comunque verificarli almeno ogni 6 mesi.